В 1879 году королева Виктория повстречалась с Десятым Доктором и оборотнем в поместье Торчвуд. Осознав, что у Британии есть враги за пределами Земли, включая и самого Доктора, королева основала тайную организацию по изучению и борьбе с инопланетными угрозами - Институт Торчвуд. Доктор был вписан в чартер Торчвуда как враг Короны. Позднее полномочия Института включили поиск и изъятие инопланетных технологий для последующего изучения и использования.
Вскоре была обнаружена трещина в пространстве и времени прямо посередине Кардиффа. В результате именно там был открыт небольшой отдел под названием «Торчвуд Три». Главный отдел Торчвуда был перемещён в Лондон после обнаружения там дыры между измерениями над городом. Специально для этого был построен небоскрёб, чтобы можно было «дотянуться» до дыры и проводить над ней опыты.
Джек Харкнесс упоминает ещё о двух отделениях Института: Торчвуд-2 в Глазго, состоящий, по всей видимости, из единственного сотрудника, и пропавший без вести Торчвуд-4.
Джек был завербован сотрудниками Торчвуда ещё в викторианскую эпоху. Хотя он не поддерживал методы Торчвуда, у него не было выбора. Он оказался связан с кардиффским отделением Торчвуда-3. В последнюю новогоднюю ночь XX века, начальник Торчвуда-3 сошёл с ума и убил всех членов команды, включая себя, оставив отделение Джеку. Джек порвал все связи с главным отделением, хотя он всё ещё сотрудничает с другими агентствами, такими как UNIT.