В начале истории Джон Шеппард — майор и военный пилот, служащий в Антарктике, в районе станции Мак-Мердо. Ранее он нарушил приказ, пытаясь спасти товарищей за линией фронта. Готовность рисковать ради людей определяет и его дальнейшие решения.
Шеппард упрям, обладает резким чувством юмора и нередко скрывает свои математические способности за беспечным поведением. В бою он действует решительно и соотносит приказы со своими моральными принципами. Редкий ген позволяет ему взаимодействовать с технологиями Древних, что становится важным для экспедиции в Атлантиду.