1. Дрейф (Adrift)
Луч Репликаторов сильно повредил магистральную электропроводку в городе. Из-за сильной потери энергии «Атлантида» вышла из гиперпространства в неизвестной точке космоса. Продолжить полёт нельзя, так как блокированы системы. Пока Маккей и Зеленка пытаются вернуть город в гиперпространство, доктор Келлер изо всех сил борется за жизнь смертельно раненной Элизабет Вейр.
2. Единственная надежда (Lifeline)
Городские модули МНТ практически полностью исчерпали свой ресурс. Единственным спасением мог стать только новый МНТ, которого в городе нет. Но мощности Прыгуна вполне хватает для того, чтобы добраться до планеты Репликаторов. Экспериментальный двигатель Прыгуна доставил Шеппарда, Маккея, Вейр и Ронона в самый центр их города. Но Элизабет, оживлённая с помощью нанитов, была не только существенным преимуществом группы высадки, но и их слабым местом.
3. Воссоединение (Reunion)
Ронон оказался не единственным выжившим с его родной планеты. Несколько других выживших связались с Атлантидой и попросили им помочь с атакой на военную базу рэйфов на отдалённой планете. Каково же было удивление группы высадки, сопровождающей соплеменников Декса, когда их основным врагом оказались не Рэйфы.
4. Призрак-двойник (Doppelganger)
Во время очередной миссии Шеппард случайно стал носителем некого бестелесного инопланетянина, который решил поиграть в «гремлина». Гость начал проникать в сны обитателей «Атлантиды» и превращать их в сущие кошмары, в которых Джон Шеппард был далеко не самым приятным персонажем.
5. Кочевики (Travelers)
Шеппарда пленила очаровательная Ларрин, предводительница расы Кочевников. В отличие от большинства рас Пегаса, этот народ решил укрываться от Рэйфов не на планете, а в космосе – многие поколения сменялись на кораблях, бороздящих галактику. Заметив появление новой силы в Пегасе, Кочевники очень заинтересовались ими. А поймав Джона Шеппарда, занялись изучением его гена Древних.
6. Чистая доска (Tabula Rasa)
Атлантида была поражена вирусом, который вызывал у всех членов экспедиции процесс потери памяти. Лишь Ронон и Тейлу не смог поразить вирус, что дало им возможность объединить усилия в поисках лекарства. Ситуацию значительно осложняет то, что жители Атлантиды помнят всё меньше, а проблем от них всё больше.
7. Пропавшие (Missing)
Доктор Келлер и Тейла отправляются на Новый Атос, куда переселился народ Тейлы. Однако поселение оказывается пустым. На планете они сталкиваются с воинственной группой и вынуждены спасаться бегством, одновременно пытаясь понять, что стало с атосианцами.
8. Провидец (The Seer)
Поиск пропавшего народа Тейлы привёл её к человеку, который обладает необычайным даром провидца. Этот человек не только рассказывает ей, что атосианцы всё ещё живы, хоть и сокрыты тьмой, но и о том, что в будущем Атлантиде угрожают ульи Рэйфов, летящие к нему. Для того, чтобы не верить ему было много причин, но тот факт, что он знает о беременности Тейлы, заставил её поверить ему.
9. Спасая Миллер (Miller's Crossing)
После воссоединения семьи, Родни поддерживал постоянный контакт со своей сестрой, и когда это стало известно не тем людям, Джинни попала в ловушку. Маккей отправился искать ее, но угодил в ту же западню, что и сестра. Они оба оказались в лаборатории медицинской корпорации, занимавшейся созданием лекарств на основе инопланетных технологий. Президент корпорации решил вылечить свою дочь, смертельно больную лейкемией, с помощью нанитов. Но девочке стало только хуже. Пока Маккей с сестрой занимались их перепрограммированием, на Землю прибыла команда с Атлантиды для участия в поисках пропавших товарищей.
10. Суета земная (This Mortal Coil)
Неизвестный объект падает в Атлантиду и вызывает тревогу: возможно, город обнаружили репликаторы. Вскоре появляется Элизабет Вейр, и становится ясно, что за привычным обликом скрывается другая природа. Команде предстоит разобраться, кто перед ними и можно ли доверять этому возвращению.
11. Все, чем я грешен, помяни (Be All My Sins Remember'd)
Захваченный командой с Атлантиды Рэйф начал помогать Маккею в лаборатории, а затем стал посредником в переговорах с другими Рэйфами. Вынужденные предложить союз своим бывшим врагам против репликаторов, атлантийцы получили согласие от нескольких кораблей-ульев присоединиться к совместной битве против репликаторов.
12. Боевые трофеи (Spoils of War)
Рэйфы получили от участия в битве с Репликаторами гораздо больше, чем считали атлантийцы. Благодаря этому у них появился шанс снова стать сокрушительной силой, перед которой не устояли Древние. Но они неосмотрительно поставили под угрозу жизнь Рэйфа, который не стесняется обращаться за помощью к людям.
13. Карантин (Quarantine)
На Атлантиде неожиданно был инициирован режим изоляции: все двери заблокированы, радиосвязь отключена, жители маленькими группами оказались отрезаны друг от друга в разных отсеках. Картер и Зеленка застряли в лифте, Шеппард оказался заперт в комнате с Тейлой, а Маккей в ботанической лаборатории своей подруги, Кейти Браун, как раз собирался сделать ей предложение. Так как главный мозг города оказался отрезанным от компьютера, исполнить роль гениального учёного придётся кому-то ещё.
14. Гармония (Harmony)
Шеппард и МакКей навещали одну из своих любимых планет и были счастливы задержаться подольше в обществе двух юных принцесс. Но когда они все-таки собрались уйти, девушки попросили их незаметно помочь их младшей сестре, Хармони, пройти обряд посвящения и взойти на трон. Девушке нужно было пройти через лес к храму. События становятся гораздо драматичнее, когда оказывается, что на планете размещен контингент Дженаев, и их наняли помешать коронации.
15. Изгой (Outcast)
Узнав о смерти отца, Шеппард отправляется на Землю вместе с Рононом. Встречи с братом и бывшей женой возвращают его к непростому семейному прошлому. Однако поездку прерывает известие о созданном на Земле человекоподобном репликаторе. После попытки МНК закрыть проект прототип сбежал, и теперь его нужно найти.
16. Трио (Trio)
Картер в компании Келлер и Маккея отправляется на дипломатическую миссию. Однако далеко от врат уйти им не удается: Родни упал в заброшенную шахту, а следом за ним там оказались и обе его спутницы. Выбраться из заточения оказалось не так просто, а тем временем шахта начала разрушаться, оставляя своим пленным всё меньше времени на спасение.
17. Мидуэй (Midway)
МНК поставил под вопрос необходимость участия инопланетян в земном проекте «Звездные врата». Картер пригласила Тил'ка посетить Атлантиду и помочь Ронону подготовиться к проверке. А в это время Рэйфы решили захватить промежуточную станцию и проникнуть на Землю, дабы подготовить там всё для прибытия их основных сил.
18. Кровные узы, часть 1 (The Kindred)
Галактику Пегас охватила страшная эпидемия: на многих планетах начали тысячами умирать люди, а те, кто оставались в живых, становились несъедобными для Рэйфов. Это вызвало не только панику по всей галактике, но и весьма конкретные подозрения. А в это время Тейлу посетило видение, после которого она стала уверена, что это отец ее ребенка пытается связаться с ней.
19. Кровные узы, часть 2 (The Kindred)
Обитатели Атлантиды были поражены и безумно рады неожиданным возвращением старого друга, которого они считали мертвым, но это не помешало им продолжить делать все возможное, чтобы найти, где Майкл держит Тейлу. Узнав о ситуации, доктор Бекетт вызвался помочь, несмотря на свои проблемы со здоровьем.
20. Последний (The Last Man)
Возвращаясь с очередной инопланетной миссии, Джон Шеппард застал город в ужасном состоянии. Все системы Атлантиды выключены, все панели и поверхности покрыты толстым слоем пыли, некоторые уровни недоступны или вовсе обрушились, ни одного из членов экспедиции нет, а самое главное, вместо океана вокруг города простирается необъятная пустыня, постепенно поглощающая и город.