1. Нейтральная полоса (No Man's Land)
Дедал не смог предотвратить отправку двух ульев Рэйфов к Земле и, получив повреждения, отправился назад к Атлантиде. Спустя некоторое время после прибытия корабля, Элизабет была отозвана на Землю для объяснений перед международным комитетом. В это время почти отремонтированный Дедал и ещё не полностью изученный «Орион» отправились на перехват ульям, дабы уничтожить их. Но, несмотря на удачное начало, план провалился, корабль древних был уничтожен, а Дедал получил серьёзные повреждения, в результате которых кислорода на корабле осталось крайне мало.
2. Незаконнорожденный (Misbegotten)
На одной дальней планете, куда были отправлены переделанные в людей Рэйфы с захваченного улья, доктор Бэккетт попал в ловушку – не все его пациенты до конца стали людьми, а их интерес к своему прошлому позволил им узнать правду о том, кто они есть.
3. Неотразимый (Irresistible)
В одной из миссий Шеппард и его команда познакомились с очень странным человеком по имени Люшис Лавин, которого любили все жители города, в который они пришли. Как оказалось, получение удовольствия от общения с ним заразно, и именно это заставляет делать людей глупости, одной из которых стало приглашение в Атлантиду.
4. Сатеда (Sateda)
Пытаясь спасти людей, которых случайно подставил под удар Рэйфов, Ронон позволил взять себя в плен. Убить или съесть его было слишком просто, поэтому Декса отправили на его родную планету, где была организована охота. Шеппард и другая часть его команды обнаружили это и отправились на помощь своему другу.
5. Потомки (Progeny)
Попробовав координаты найденные в базе данных Атлантиды, никто и не ожидал, что по ту сторону окажутся представители древних, живущие в огромном городе. Дабы установить дипломатические отношения, команда Шеппарда вместе с доктором Вейр отправились через врата. Но кто же мог знать, что эти древние, не более чем ещё один вид репликаторов.
6. Реальный мир (The Real World)
Однажды утром, Элизабет проснулась в психиатрической лечебнице, где ей рассказали о том, что вся экспедиция в галактику Пегас, Атлантида и после два года её жизни не более чем плод её воображения. Однако не всё так просто, как кажется на первый взгляд, и реальный мир вовсе не такой уж и реальный.
7. Точка соприкосновения (Common Ground)
Попав в плен к Дженаем, Шеппард подвергся пытке с использованием захваченного Рэйфа. Главой захватчиков был его старый знакомый – Коля. Дабы спасти Джона, Элизабет и команда полковника связались с другим представителем Дженаев, который так же желает отомстить Коле за то, что тот сделал с ним и другими Дженаями.
8. МакКей и миссис Миллер (McKay and mrs. Miller)
Дабы помочь семье, сестра Родни, Джинни, оставила свою научную карьеру. Однако в один прекрасный день, сидя дома с ребёнком, она вновь взялась за старое. Это не осталось не замеченным и вскоре КЗВ решило дать ей высший допуск секретности, дабы использовать её знания для зарядки МНТ. Однако никто не знал, что её совместная работа с Родни приведёт к появлению в этом мире ещё одного МакКея, но уже из альтернативной вселенной. Кроме того, оказалось, что Родни это лишь второе имя Мередитта МакКея.
9. Фантомы (Phantoms)
Попав под воздействие оружия Рэйфов, команда Шеппарда начала видеть ту реальность, которая существовала в их воспоминаниях. Каждый из них видел всё по-разному, но действовали они в одном, вполне реальном мире. Но даже несмотря на всю реалистичность событий, некоторые из команды осознали, что в происходящих вокруг них событиях что-то не так, как должно быть.
10. Возвращение, часть 1 (The Return)
Экспедиция встречает корабль с живыми Древними. Они возвращаются, чтобы вновь занять Атлантиду, и прежним обитателям города приходится столкнуться с неожиданным вопросом: кому теперь принадлежит их дом? Возвращение создателей города меняет положение всей земной экспедиции.
11. Возвращение, часть 2 (The Return)
Репликаторы захватили город полностью и убили всех древних. В это время, разработав гениальный по своей сложности план, команда Шеппарда решила исполнить его во всей красе. Однако не всё было так, как хотелось. После провала плана «А» и взрыва центра управления городом, они перешли к «Б», а затем к «В» и так далее. Не обошлось из без помощи генерала О’Нилла.
12. Миражи (Echoes)
Членов экспедиции начали преследовать странные ведения, в которых призраки древних, среди которых есть умирающий пилот, спасшийся с корабля. Одновременно с этим к городу начали стягиваться водоплавающие животные, похожие на китов. Никто не понимает, что происходит, однако вскоре у некоторых людей начались невыносимые головные боли, а Родни обнаружил, что видения – это попытка китов предупредить людей о надвигающейся опасности.
13. Невменяемый (Irresponsible)
Команда Шеппарда вновь встретилась с Лавином, который очень неплохо устроился на очередной планете с доверчивыми и наивными жителями. Однако в то время как Шеппард обнаружил людей Кауэна, работающих по найму у Лавина после переворота на родной планете, сюда, в тихий город прибыл никто иной, как старый «друг» Джона, Акастус Коля.
14. Дао Родни (The Tao of Rodney)
Пытаясь сэкономить энергию, Маккей отключает системы, которые Древние успели включить до нападения репликаторов. Неизвестное устройство поражает его энергетическим лучом. Теперь Родни и его товарищам нужно выяснить, как работает прибор и к каким последствиям приведёт это воздействие.
15. Игра (Game)
Два года МакКей и Шеппард играли в странную, но очень увлекательную игру, в которой нужно было развивать свой народ. Игра была настолько подробной, что можно было создавать внешность каждого конкретного человека, и именно поэтому Нола, главу народа, которым командовал МакКей, была похожа на Картер. Однако оказалось, что это была вовсе не игра, а один из проектов древних – жители Атлантиды управляли малыми народами, живущими на разных планетах в галактике Пегас, контролируя их развитие. И так получилось, что Шеппард и МакКей управляли двумя народами, живущими по разные стороны одной реки. Но главное – мелкие разборки между полковником и доктором во время использования «игры» привели к тому, что всё вышло из под контроля, и между народами началась настоящая война.
16. Ковчег (The Ark)
В ходе очередной экспедиции команда полковника обнаружила космический комплекс, находящийся в астероиде на орбите планеты. Оказалось, что этот комплекс ни что иное, как ковчег для жителей этой планеты и в криокамерах станции около тысячи человек. Пробудив случайно одного из этих людей – Херика, команда узнала, что скрыв себя на станции, люди хотели спастись от Рэйфов. Но, узнав, что его семья погибла, Херик убил себя и заставил астероид сойти с орбиты, отрезав команде путь к отступлению.
17. Выходной (Sunday)
На Атлантиде выходной. Каждый хотел провести этот день по-особенному. Элизабет решилась пойти на свидание с молодым ученым Майком Брентоном, Карсон планировал вместе с Родни полететь на рыбалку, а Лорн захотел заняться рисованием. Но весь день изменил мощный взрыв, прогремевший в городе. Как оказалось, этот взрыв был первым, но не последним, и если срочно что-то не предпринять, жертв может быть куда больше. Спасая город и его жителей, погиб один из главных членов экспедиции.
18. Погружение (Submersion)
Атлантийцы нашли подводную станцию по выработке энергии на своей планете. На станции Тейла почувствовав Рэйфа, открыла свой разум и Рэйф смог завладеть ею. Оказалось, что это королева с потонувшего недалеко крейсера. Королева, включив самоуничтожение своего крейсера, угрожала станции и находящимся на ней людям. Для того, что бы обезвредить корабль Тейла решилась вновь вступить в контакт с королевой.
19. Месть (Vengeance)
Потеряв контакт с одним из дружественных народов, Элизабет решила отправить на разведку команду Шеппарда, чтобы выяснить из-за чего была нарушена связь. Попав на планету Родни выяснил, что на ней присутствует только одно живое существо, которое находится в подземелье. Оказалось, что в подземелье проводились эксперименты с использованием жука иратуса, который является далеким предком рэйфов. Как выяснилось в дальнейшем, эти эксперименты проводил не кто иной, как старый знакомый атлантийцев – Майкл. И ему удалось вывести ужасного монстра-гибрида. Оказалось, что подземелье кишит этими монстрами и что еще хуже это не единственная планета, на которой ставились такие эксперименты.
20. Первый Удар (First Strike)
На Атлантиду прибыл новый земной корабль Аполлон и привез с собой достаточно тревожную информацию о том, что репликаторы строят боевые корабли для нападения на Землю. Для предотвращения этого было принято решение ударить по ним первыми. Миссия удалась, и корабли были уничтожены. В ответ репликаторы послали зонд к Атлантиде со звездными вратами и через них открыли огонь прямо по городу очень мощным лучом. Оказалось, что этот зонд нельзя разрушить и МНТ долго не выдержит. Тогда атлантийцы решили погрузить город под воду для того, что бы вода ослабила действие луча. Но этот план не сработал, ибо вода не давала нужного эффекта. Тогда было принято решение улететь на Атлантиде на другую планету. После отлета с поверхности, что-то пошло не так и Атлантида вышла из гиперпространства в неизвестном месте, и что еще хуже энергии в МНТ осталось всего на 24 часа.