1. Осада, часть 3 (The Siege)
Прибывший к спеху новый крейсер Дедал спас ситуацию. На борту Дедала транспортировался МНТ. Шеппард спасен, над городом щит, ульи Рэйфов уничтожены и все вроде бы позади. Однако обнаружилось еще 12 ульев приближающихся к Атлантиде. Тогда было принято решение перейти в наступление.
2. Злоумышленник (Intruder)
Возвращаясь с Земли на «Дедале», экипаж корабля и члены экспедиции попали в очень неприятную ситуацию. В одном из бортовых компьютеров появился неизвестный вирус, который не только начал захватывать системы, но и создавать себе защиту от любых попыток избавиться от него.
3. Беглец (Runner)
Находясь на задании, Тейлу и Шеппарда захватывают в плен. Как оказалось, это был вовсе не представитель Рэйфов, Дженаев или же кого-либо ещё из прежних врагов, а всего лишь одинокий «беглец» по имени Ронон Декс, ставший пешкой в ритуальной охоте Рэйфов. У захваченной двоицы есть лишь два пути: убить своего пленителя или получить его себе в союзники.
4. Дуэт (Duet)
Освобождая захваченных стрелой Рэйфов, Родни и лейтенанта Кедмен, доктор Зеленка, совершенно не знающий подобных технологий, как впрочем, и остальные учёные, допустил какую-то ошибку. В освобождённом теле Родни, помимо его собственного «Я», оказалась ещё и личность Кедмен.
5. Заключенные (Condemned)
Открыв путь на планету, жители которой являются представителями вполне технологически развитой культуры, члены команды обнаружили не очень гуманные методы борьбы с преступностью. Остров, где находились врата, являлся тюрьмой самых опасных заключённых, судьба которых одна – стать едой для изредка приходящих Рэйфов. Но их голод растёт, а те, кого сослали на остров, не согласны со своей участью и хотели вернуться назад на материк.
6. Троица (Trinity)
Проводя на очередной планете, древние жители которой давно погибли, поиски чего-либо полезного для борьбы с Рэйфами, команда обнаружила мощное оружие и практически нескончаемый источник энергии. Однако у подобной лёгкой добычи есть свои подвохи. И подвох этой заключается в том, что источник энергии крайне нестабилен. А Родни как всегда настойчив и не хотел никого слушать, даже зная, что он может быть не прав.
7. Инстинкт (Instinct)
Попав на одну планету с вроде бы мирным населением, группа под командованием полковника Шеппарда узнала о неком призраке, который убивает жителей. Вскоре они узнают, что это не призрак, а Рэйф. Но, обнаружив его, ответ, данный ранее, лишается смысла, однако появляется другой вопрос – один ли Рэйф на этой планете?
8. Превращение (Conversion)
После нападения Эллии Шеппард оказывается заражён ретровирусом и начинает меняться: вместе с усилением физических возможностей появляются пугающие признаки превращения. Экспедиция ищет способ остановить процесс. Для спасения Джона нужны образцы, добыть которые можно лишь ценой новой опасной встречи с этими существами.
9. Аврора (Aurora)
Экспедиция обнаруживает «Аврору», корабль Древних, экипаж которого находится в стазисе. Подключившись к системе корабля, Шеппард пытается поговорить с его обитателями. Однако доступ к их виртуальному миру таит опасность, а сведения, которые они могут сообщить, слишком важны, чтобы просто уйти.
10. Потерянные Парни (The Lost Boys)
Находясь на очередной планете, Тейла, Шеппард, Ронон и Родни были захвачены в плен людьми человека, которого все они давно знали. На этот раз Форд в серьёз решил сделать всё, чтобы доказать всем, что он больше чем просто «в порядке». Для этого, он создал план по уничтожению одного из ульев Рэйфов, но для полного успеха, ему нужны были силы всей захваченной четвёрки.
11. Улей (The Hive)
Будучи захваченными Рэйфами и находясь в их тюремных камерах, никто ни чего не мог сделать, и даже самые отчаянные попытки побега оборачивались провалом. Единственным шансом спастись была та небольшая слабость врага, которую они знали. Еды на всех не хватало, и именно поэтому Рэйфы начали воевать между собой, борясь за каждого живого человека.
12. Прозрение (Epiphany)
Находясь на неизвестной планете, команда полковника Шеппарда обнаружила пещеру, вход в которую был закрыт неизвестным полем. Оно позволяло зайти внутрь, но не давало выйти назад. Во время исследования, Джона засосало внутрь и остальным членам группы ничего не оставалось делать, как искать способ спасти своего друга. Но, несмотря на то, что по ту сторону пещеры жили представители древних, была одна проблема – время там шло в несколько сотен раз быстрее.
13. Критическая Масса (Critical Mass)
С Земли пришло сообщение о том, что одному из гоа’улдов удалось пробраться на Атлантиду. Несмотря на то, что основные силы ложных богов были уничтожены, оставшиеся силы всё ещё представляли угрозу для человечества. Но даже могущественные гоа’улды видели в Рэйфах угрозу для всего живого в галактике Млечного пути. Главной задачей шпиона стала организация диверсии в городе, с помощью которой проход из галактики Пегаса должен был исчезнуть навсегда.
14. Грейс Под Давлением (Grace Under Pressure)
Пролетая над океаном, недавно отремонтированный прыгун теряет управление и падает в воду. Постепенно он начинает погружаться на дно, в то время как Родни ищет способ остановить это. Клаустрофобия мешала продолжать работу, но помощь пришла сама собой. Внутри отсека прыгуна, где находился Родни, возникает образ Саманты Картер — галлюцинация Родни.
15. Башня (The Tower)
Прибыв на одну из планет, команда Шеппарда обнаружила, что жители находяться под жестоким контролем и защитой лорда-защитника, который способен управлять своим разумом невероятной силой. Однако, как оказалось, башня, где находился лорд, была идентичная центральной башне Атлантиды, и это была лишь верхушка айсберга.
16. Долгое Прощание (The Long Goodbye)
После обнаружения в космосе двух спасательных капсул с живыми людьми, Вейр решила попробовать оживить одного из них. В камере сработал механизм защиты и личность, хранившаяся в чёрном ящике, на несколько часов овладела телом Элизабет. Гостья попросила пробудить того, кого она называла своим мужем, и временным носителем его души стал Шеппард. И всё бы ничего, но после страстного поцелуя Элизабет и Джона, оказалось, что пробуждённые души были злейшими врагами.
17. Государственный Переворот (Coup D'Etat)
На связь с Атлантидой вышел Дженай, который хочет совершить переворот в своём правительстве. В обмен на оружие и помощь, он предложил рабочий МНТ. Согласившись, никто и не подозревал, что всё это хорошо спланированная западня. Хотя, и переворот тоже имеет место быть.
18. Майкл (Michael)
Очнувшись на Атлантиде, молодой офицер, которого все называют Майклом, ничего не помнит из своего прошлого. Вскоре, он начал видеть сны, подобные тем, что видела Тейла. В это время, Элизабет решает, стоит ли рассказывать пробудившемуся правду о том, кто он, а Беккет ищет способ улучшить свой ретровирус, ведь имеющийся сейчас, требует ежедневной инъекции.
19. Ад (Inferno)
Прибыв на планету, которая запросила помощи, команда Шеппарда обнаружила там бункер древних и ангар с кораблём того же класса, что была Аврора. И всё бы ничего, если бы не изменения щита, повлёкшие извержение супервулкана, в жерле которого находился бункер. В самом начале эвакуации все, кто были на планете, попали в западню, так как при очередном толчке звёздные врата были поглощены лавой.
20. Союзники (Allies)
К Атлантиде прибыл улей Рэйфов, королева которого хотела заключить союз против остальных ульев. В обмен на ретровирус, она поделилась «энциклопедией по технологиям Рэйфов». Но, враги всегда остаются врагами, и на этот раз всё закончилось очень неудачно. Во время второй проверки, когда открылась тайна плана Рэйфов, Родни и Ронон, находящиеся на союзном улье, попали в плен, а сам корабль лёг на курс к Земле.