1. Пробуждение, часть 1 (Rising)
Открытие города древних привело новую команду Звёздных врат в далёкую галактику Пегас. Город, где находились земляне, оказался под водой. И не успев освоиться на новом месте, появилась угроза затопления Атлантиды. Для спасения жизней всех членов экспедиции, на одну из планет через звёздные врата отправился разведывательный отряд. Первым миром оказалась планета с обществом раннего технологического развития, которые подвергались атакам со стороны ранее неизвестной людям расы, носящей имя Рейфы. Во время очередного нападения на поселение, захваченными в плен оказались полковник Маршал Самнер, Тейла и ещё несколько людей.
2. Пробуждение, часть 2 (Rising)
Майор Джон Шеппард приложил все усилия, чтобы доктор Вейр дала добро на сбор группы для проведения спасательной операции. Для этого им пришлось найти преимущество перед Рейфами и они его нашли в виде Прыгуна с системой маскировки. А в это время в плену полковник Самнер встретился лицом к лицу с королевой улья Рейфов. И встреча эта прошла не совсем гладко.
3. Прятки (Hide and Seek)
Экспериментируя с неизвестным устройством древних, доктор МакКей получает полную неуязвимость посредством персонального щита. Единственным недостатком этого экрана является тот факт, что он не приемлет никаких вмешательств извне, в том числе и еду. И как отключить его никому не было известно. В то время на территории Атлантиды появился неизвестный объект в виде большой чёрной тени, представляющей угрозу для всего города и его обитателей.
4. 38 Минут (Thirty-Eight Minutes)
Во время побега от Рейфов, прыгун был повреждён и застрял в звёздных вратах, находившихся на орбите одной из планет. Одна его половина пересекла горизонт событий, а другая осталась снаружи. Ситуацию осложняли два факта. Первый заключался в том, что к шее Шеппарда присосался инопланетный жук, который питался его силами, а второй – врата могут находиться в открытом состоянии всего 38 минут.
5. Подозрение (Suspicion)
С каждым новым проходом через звёздные врата за пределы Атлантиды, команду майора Шеппарда всё чаще обнаруживали Рейфы. Создалось впечатление, что каким-то образом они узнавали о местах их будущих миссий, а значит, в городе был шпион. Подозрение падало на атосианцев, народ Тейлы.
6. Конец Детства (Childhood's End)
Во время очередного прохода через врата, команде Шеппарда пришлось совершить вынужденную посадку на неизвестной планете. Причина выхода из строя прыгуна заключается в высоком уровне электромагнитного излучения в этом районе. Чтобы найти источник этого излучения, группа отправляется на разведку. Недалеко от места крушения, они обнаруживают развалины древнего города, и там они попали в ловушку, устроенную детьми, живущими на этой планете. Вскоре, команде открылся страшный факт, что каждый человек, доживший до 25 лет, должен принести себя в жертву, дабы не допустить возвращения Рейфов. Их легенда гласила, что Рейфы питаются только теми людьми, которым больше 25 лет. Но, кроме этого, на планете был найден МНТ, являющийся настоящей причиной отсутствия Рейфов.
7. Отравленный Источник (Poisoning the Well)
Попав на планету начального индустриального типа, никто не видел в ней ничего более интересного, чем ещё одного торгового партнёра. Однако, вскоре открывается интересный факт – учёные этого мира заняты созданием вируса, способного защитить людей от попыток Рейфов их съесть. Найдя в этом пользу, доктор Вейр отправляет доктора Беккета на помощь и вскоре, совместными усилиями, успех достигается. Однако у нового препарата есть небольшое побочное явление – большая часть людей принявших его должна умереть.
8. Подполье (Underground)
Прибыв на очередную планету, на которой, по словам Тейлы, живут простые фермеры, команда Шеппарда обнаружила нечто большее, чем фермерские поля. Под небольшой деревней располагался огромный жилой комплекс, созданный для укрытия людей от Рейфов. Жители этого места работали над оружием против своего врага и, узнав о силе неизвестной им взрывчатки, Си-4, они решили сделать всё, чтобы заполучить её.
9. Дом (Home)
Отправившись на одну из планет, атмосфера, которой, сильно заряжена энергией, группа нашла способ открыть путь домой. Вернувшись на Землю, все члены группы начали заниматься своими обыденными делами, но вскоре каждый из них понял, что всё не так просто. Ведь дома ещё не научились оживлять мёртвых.
10. Шторм (The Storm)
Раз в двадцать лет, на планете, где находится Атлантида, образовывается крайне мощный шторм, покрывающий большую часть планеты. Шторм, который начал образовываться над материком, поставил под угрозу не только деревню на материке, но и существование Атлантиды. Для того чтобы эвакуировать гражданских, Вейр начала искать мир, готовый принять их. Но не все хотели помочь – Дженаи решили воспользоваться ситуацией и захватить город, который был им так нужен для борьбы с Рейфами.
11. Око (The Eye)
Получив территориальный контроль над городом, Дженаи не смогли получить доступ к технологиям Атлантиды. В это время шторм накрыл материк и продолжил стремительно приближаться к городу. Из-за того, что Дженаи разрушили один из пультов управления заземлением, последняя надежда получить энергию от самого шторма и спасти Атлантиду практически пропала. И лишь те, кто остался на материке и попали в око шторма, получили возможность спасти город.
12. Непокорный (The Defiant One)
Обнаружив в системе спутник древних, Шеппард, Родни и ещё двое учёных отправились к нему на прыгуне. Приблизившись, они обнаружили слабый сигнал бедствия корабля Рейфов, исходящий с ближайшей планеты. После получения разрешения от доктора Вейр, команда отправилась на планету, чтобы проверить судно, ведь оно является бесценным хранилищем информации. Но не все Рейфы погибли при падении, один смог выжить.
13. Горящая зона (Hot Zone)
После шторма экспедиция обследует нижние уровни Атлантиды. Несколько участников заболевают и погибают, а симптомы вызывают тревогу за весь город. Вводится карантин; Маккей и его товарищи пытаются разобраться в причине происходящего и остановить опасность.
14. Убежище (Sanctuary)
Попав на прыгуне под очередной обстрел стрел Рейфов, команда уже и не надеялась спастись, как внезапно суда противников были уничтожены неизвестной силой. Команда решила проверить источник этой силы, надеясь найти новое оружие в борьбе против Рейфов, но обнаружила лишь первобытное селение людей верующих в Атар, богиню, которая защищает их уже очень давно. Дабы узнать, что такое Атар на самом деле, Шеппард и остальные решили посетить жрицу Чайю Сар. Но неожиданным открытием оказалось то, что на планете есть как минимум один древний, принявший новую эволюционную форму.
15. Прежде, чем я усну (Before I Sleep)
Продолжая исследовать город, учёные экспедиции нашли одного из древних находящихся в анабиозе. Но вскоре оказывается, что найденная ими спящая старая женщина никто иная как сама Элизабет Вейр. Пробудившись, она решает рассказать историю о том, что первый раз, когда экспедиция прибыла в город древних, была не столь успешной. Но время её жизни на исходе, а рассказать ей нужно так много…
16. Братство (The Brotherhood)
Разгадывая секреты таинственного братства, чьи тайны сохранялись многие поколения, команда Шеппарда обнаружила свидетельство присутствия на планете МНТ. Его поиски почти подошли к концу, как неожиданно всё испортил старый знакомый Шеппарда – Дженай Коля.
17. Письма с Пегаса (Letters From Pegasus)
Не имея возможности вернуться через звёздные врата назад на землю, Родни нашёл способ заархивировать данные так, чтобы отправить сигнал домой без особых затрат для энергетического запаса города. Каждому члену экспедиции было дано время, которое он мог использовать для записи своего видео письма. В это время, включившийся сенсор дальнего космоса позволил обнаружить корабли-ульи Рейфов, движущиеся к Атлантиде.
18. Дар (The Gift)
Тейлу мучают кошмары, связанные с рэйфами. Пытаясь понять их происхождение, она обращается к истории своего народа и к пожилой атосианке. Возможная связь с врагом пугает её и заставляет по-новому взглянуть на собственные способности.
19. Осада, часть 1 (The Siege)
Древние имели не только один город в этой системе, но и оборонные точки. Учёные Атлантиды нашли один из обесточенных защитных комплексов, который мог помочь экспедиции именно сейчас в борьбе с Рейфами. Но для того, чтобы заставить оружие работать, один из учёных, отправившихся на него, должен остаться на его борту.
20. Осада, часть 2 (The Siege)
К Атлантиде приближаются корабли Рейфов, а у города до сих пор нет ни щита, ни какой-либо другой защиты. Доктор Вейр готовит план отступления через звёздные врата, как неожиданно для всех, с Земли приходит первая помощь в виде вооруженных тяжёлым оружием морпехов под командой полковника Эверетта. Начинается первая волна наступления. Для того чтобы уничтожить один из ульев Рейфов, Шеппард взял один из прыгунов с ядерной боеголовкой на борту и отправился к судну противников, зная, что это билет в один конец…